Historia Katedry Zaawansowanych Technologii Energetycznych sięga roku 1994 roku, w którym na Wydziale Budownictwa i Inżynierii Środowiska utworzono Zakład Ogrzewnictwa, Wentylacji i Ochrony Atmosfery. Nominację na Kierownika Zakładu otrzymał dr hab. inż. Wojciech Nowak, prof. PCz. Organizacyjnie Zakład działał w ramach istniejącego wówczas Instytutu Inżynierii Środowiska.

W roku 1997 na nowopowstałym Wydziale Inżynierii i Ochrony Środowiska utworzono Katedrę Ochrony Atmosfery przejmującą zagadnienia realizowane przez Zakład Ogrzewnictwa, Wentylacji i Ochrony Atmosfery. Następnie w roku 1998 Katedra Ochrony Atmosfery uległa przekształceniu w Katedrę Ogrzewnictwa, Wentylacji i Ochrony Atmosfery z jednoczesnym wydzieleniem następujących zakładów dydaktycznych:

- Ochrony Atmosfery

- Ogrzewnictwa i Wentylacji

- Inżynierii Energii

- Czystych Technologii Laserów i Plazmy

W roku 2011 nastąpiło przekształcenie Katedry Ogrzewnictwa, Wentylacji i Ochrony Atmosfery w dwie jednostki:

- Instytut Zaawansowanych Technologii Energetycznych,

- Samodzielny Zakład Ogrzewnictwa, Wentylacji i Klimatyzacji

W 2019 roku do Instytutu Zaawansowanych Technologii Energetycznych została włączona Katedra Inżynierii Energii. Katedrę tę utworzono w roku 2000, a kierownikiem mianowany był dr hab. inż. Zbigniew Bis, prof. PCz. Katedrę tworzyły wówczas dwa zakłady:

- Zakład Czystych Technologii Laserów i Plazmy

- Zakład Nowoczesnych Źródeł Energii

W roku 2019 Instytutu Zaawansowanych Technologii Energetycznych został przekształcony w Katedrę Zaawansowanych Technologii Energetycznych. Przez cały okres, aż do roku 2014 funkcję kierowniczą w Jednostce pełnił prof. dr hab. inż. Wojciech Nowak. Następnie funkcję tę objął prof. PCz. dr hab. inż. Maciej Mrowiec. Do września 2020 funkcję kierownika Katedry pełniła prof. dr hab. inż. Izabela Majchrzak-Kucęba. Obecnie kierownikiem Katedry Zaawansowanych Technologii Energetycznych jest prof. dr hab. inż. Tomasz Czakiert.